1、安全性
氨作为制冷剂，本身有毒，易燃易爆。二氧化碳作为末端与制冷机房之间循环的制冷剂，压力较高，是冰河冷媒压力的5倍以上。冰河冷媒类似于空间中应用的水系统，属于常压的系统，压力只是循环泵为了提供的足够动力而产生的。
同时由于氨的危险性，充注到一定重量的时候，该项目会被当地安监局列为重大危险源项目，定期上门检查。并且二氧化碳系统由于压力高，其阀门及管道均属于GC2级别压力管道，纳入当地特种设备检验所的监管范围。而冰河冷媒由于在常压下运行并且不易燃不爆炸，不需要接受以上两项监管。
2、造价
氨+二氧化碳复叠系统的造价比氟+冰河冷媒系统的造价要高10%以上。造价的高出部分也是由于系统特性造成的。复叠系统就意味着在二氧化碳侧也要设置二氧化碳压缩机，二氧化碳压缩机由于压力高，比普通的氨或氟压缩机售价要高，同时由于采用了较高压力的管道和阀门，选用的标准都要相应提高。
而冰河冷媒系统的管道阀门都在常压下运行，选择较为普通的常用类型即可，各方面的成本大大降低。同时由于氨系统的存在，也提高了制冷系统以外的工程成本，例如氨制冷机房与民用建筑的安全距离，氨系统要设备围堰及事故水池。制冷机房间氨与二氧化碳同时存在，二者的密度又截然相反，所以事故通风的风机也要设置两套，一套在上部，一套在下部。而冰河冷媒运行的部分不需要设置事故通风设备。
3、运营情况
氨+二氧化碳系统因为都是采用制冷剂，所以蒸发或冷凝的速度较快，系统温度的波动较大。因为是两种制冷剂，所以对自动控制提出更高的要求，需设置更多的传感器进行监测，进一步增加了造价。并用由于系统较为复杂，在遇到紧急情况时，对操作工人的技术能力要求更高。
例如，在遇火灾时，需要及时将氨液泄放，二氧化碳也要泄放，工人是否熟悉这些操作步骤，能否及时处理，都要在平时不断加强训练。另外二氧化碳因为压力较高，所以不能长时间停机，如果冷库遇到进出货量很小时，明明不需要开机制冷，为了保证二氧化碳系统不超压，也必须要开机。
氟+冰河冷媒系统，末端的冰河冷媒不发生蒸发冷凝的变化，依靠温差带来冷量，使得系统的温度较为稳定。自动控制的过程也较为简单，只需要关注换热器侧进出水的温度由压缩机自动进行能量调节即可。同时，在遇到紧急情况时，冰河冷媒也不需要泄放，保持在系统即可。遇到长时间停机也没有关系，温度上升并不会导致压力的上升，不会超压。